Jeney Zoltán Szolnokon született. Zeneszerzői tanulmányait a debreceni Kodály Zoltán Zeneművészeti Szakközépiskolában, majd 1961-1966 között Farkas Ferenc irányításával a Zeneakadémián folytatta, ezt követően kétéves posztgraduális zeneszerzői kurzust végzett Rómában. Első művein Bartók Béla és az új bécsi iskola zeneszerzőinek hatása érződik, de már ekkor foglalkoztatták a szeriális zeneszerzési technika alkalmazási lehetőségei.
1970-ben Eötvös Péterrel, Kocsis Zoltánnal, Sáry Lászlóval, Simon Alberttel és Vidovszky Lászlóval együtt alapító tagja volt az Új Zenei Stúdiónak. A mozgalom tagjai a zene alapelemeit radikálisan újraértelmezték, előfordult, hogy darabjaik csak zörejekből álltak, érdeklődésük középpontjába az improvizáció került. Jeney zeneszerzői munkásságát nagy mértékben befolyásolta megismerkedése John Cage amerikai zeneszerző írásaival és darabjaival, az amerikai minimálzene alkotásaival, valamint az, hogy egy darmstadti zeneszerzői kurzuson mások mellett Karlheinz Stockhausen, Ligeti György, Christian Wolff előadásait hallgatta.
A hetvenes évek második felében Jeney egy úgynevezett pszeudomodális skálarendszert fejlesztett ki régi görög hangsorokból, ezt 1981-ben Apollóhoz című kantátájában alkalmazta először. Jeney Zoltán írt színházi és filmzenét is, többek között Jancsó Miklós Így jöttem, Huszárik Zoltán Szindbád, Kabay Barna és Gyöngyössy Imre Jób lázadása és Sára Sándor A vád című alkotásaihoz. 1992-ben Vidovszky Lászlóval a sevillai világkiállítás magyar pavilonjához készített zenét.
Jeney Zoltán filmzenéi:
Így jöttem (1964)
Szindbád (1971)
Kincskereső kisködmön (1972)
Szarvassá vált fiúk (1974)
Vállald önmagad! (1974)
Jelbeszéd (1974)
Várakozók (1975)
Legenda a nyúlpaprikásról (1975)
Fogjuk meg és vigyétek! (1978)
Színes tintákról álmodom (1980)
Jób lázadása (1983)
Eszterlánc (1984)
Vigyázók (rendező: Sára Sándor)
A vád (rendező: Sára Sándor)
Több nyugat-európai országban és az Egyesült Államokban járt ösztöndíjjal, illetve tevékenykedett vendégprofesszorként, 1982-ben számítógépes zenei tanulmányokat folytatott Párizsban. A Zeneakadémián Kroó György felkérésére kezdett tanítani 1986-ban, itt a zenetudományi tanszak tanára, 1995-2011 között a zeneszerzés és karmesterképző tanszék vezetője volt, 2011-től a zeneszerzés tanszéki csoport vezetője az Alkotóművészeti és Zeneelméleti Ismeretek Tanszékén.
Munkássága elismeréseként megkapta az Erkel Ferenc-díjat (1982), az érdemes művész címet (1990), kétszer a Bartók-Pásztory-díjat (1988, 2006). 2001-ben Kossuth-díjjal tüntették ki új utakat kereső, nemzetközileg is nagyra becsült zeneszerzői munkásságának elismeréseként, az elektroakusztikus zenei műfaj adta lehetőségek sodró erejű, nagyhatású művészi kiaknázásáért.
