Tizenkét éven keresztül Jancsó Miklós munkatársa volt, majd 1988-tól újra rendezőként dolgozott. A Duna Televíziónál helyezkedett el, szerkesztő-rendezőként számos műsort, dokumentumfilmet jegyzett. 2000-ben Balázs Béla-díjjal tüntették ki, 2001-től nyugdíjas rendezőként dolgozott tovább.
Sipos András elsősorban dokumentumfilmjeivel vált ismertté, amelyek három fő témakörből merítettek. Több munkájában foglalkozott a Viharsarok lakóinak életével és konfliktusaival. Az 1989-es Statárium című alkotásában három, kulákok elleni koncepciós pert mutatott be az 1950-es évekből. Az 1998-as Hazátlanok, sorakozó! című dokumentumfilmjében pedig a tótkomlósi szlovákok kitelepítésének állított emléket.
Szintén több filmjében foglalkozott a zsidóság múltjával és jelenével. Az 1990-es Viszontlátás című film a náci Németországba kényszermunkára hurcolt asszonyok sorsát mutatja be, az 1991-es Röppentyűben pedig a vészkorszakot túlélt nagyszülők leszármazottain, unokáin keresztül beszél azokról a tudat mélyén rejtőző apró emlékekről, amelyek még további nemzedékek sorsát határozzák meg. Az 1994-es Alija az egykori szovjet zsidók kivándorlását és letelepedését mutatja be.
Számos portréfilm fűződik a nevéhez, többek között Szabó István filmrendezőről, Finta József építőművészről és Hernádi Gyula Kossuth-díjas íróról-forgatókönyvíróról is készített filmet.
Sipos Andrást a Magyar Filmművészek Szövetsége saját halottjának tekinti.
