Miután a két alkotótárs emigrált, Szénásy György csatlakozott Macskássy-hoz, akivel az Astoria nagyszálló mellett lévő Naumann-ház hatodik emeletén alakítottak ki műtermet. Szénásy megjelenésével bejött a báb- és stop motion animáció a stúdió életébe.
1948-ban a magyar filmszakmát államosították, így Macskássy-ék stúdiója a Híradó- és Dokumentum Filmgyárhoz került, ahol többek közt a kezdő Nepp Józseffel és Dargay Attilával dolgozott államilag finanszírozott reklám és propaganda-filmeken. Macskássyék az animáció létjogosultságát éppen a reklámmegbízásokkal próbálták erősíteni a hatalom emberei előttt.
Stílusára kezdetben az amerikai rajzfilm volt hatással, majd behozta a magyar népi motívumokra épülő képi nyelvet, a hatvanas években pedig a karikatúra és az absztrakt művészet volt hatással animációs stílusára. Filmművészetére jellemző a mindenkori rendszer kritikája, a játékosság, az önreflexió, a hagyományőrzés és egyben az újításra való törekvés.
1951-ben készítette A kiskakas gyémánt félkrajcárját, mely az első magyar rajzfilm volt, ami nem megrendelésre és nem alkalmazott munkaként jött létre (a 70 éves évfordulóról megemlékezett a Filmarchívum). Az eredetileg keleti történetet magyar környezetbe helyezte, antagonistája egy magyar földesúr volt. A két bors ökröcskével behozta a székely népi motívumokat, mindezt abban a korban, amikor a határon túli magyarság tabu volt.
Macskássy alapvetően az animáció kereskedelmi ágával, a reklámfilmekkel kezdte, ami nem csak gyakorlatot jelentett, de későbbi kisfilmjei alapjául is szolgáltak az ötvenes években: a Telhetetlen méhecske reklámfilmes előzményével például a magyar mézet, az Okos lánnyal a takarékbetétkönyvet, az Egér és oroszlánnal pedig a fogmosást propagálták.
Amerikában az 50-es években jelent meg a limited animation a televíziós sorozatok gyors és egyszerű gyártására, hozzánk egy évtizeddel később jelent meg, kézenfogva a karikaturisztikus animációs áramlattal. 1960-ban mutatták be Macskássy A ceruza és a radír című önreflexív filmjét, mely a magyar animáció új hullámának nyitánya: az antropomorfizált rajzeszközökkel előadott történet komikus reflexió a rajzfilm médiumára. Szintén 1960-as a Párbaj, melyben az erő és az ész harcát látjuk rengeteg képi geggel. Mindkét animációt Várnai György karikaturistával közösen rendezte. A Párbaj volt az első magyar rövidfilm, ami díjat (különdíjat) nyert a Cannes-i Filmfesztiválon.
Macskássy indította el az animációs sorozatfilmgyártást is a hatvanas években a Peti (1963) című rajzfilmsorozattal, de az ő nevéhez fűződik a Gusztáv-sorozat is, mely Nepp József ötletén alapul. 1966-ban mutatták be a komor hangvételű Tíz deka halhatatlanság című filmjét, melyről úgy tartják, hogy önmaga, a rendszer által folyamatosan kordában tartott művészete és a hatalom kapcsolatát, a meg nem értettségét dolgozza fel. A történet középpontjában egy fehér pegazus áll, akit a modern világban minden lehetséges módon megpróbálnak betörni, különleges képességét senki sem dicséri.
Egészen haláláig, 1971-ig alkotott Macskássy, életének utolsó éveiben egyperces etűdöket rendezett. Macskássy együtt dolgozott számos olyan rendezővel, akik a 60-as években kialakult magyar animációs újhullámot hozták létre: Dargay Attila, Jankovics Marcell, Nepp József, Foky Ottó, Szoboszlay Péter, és persze lánya, Macskássy Kati, aki a magyar dokuanimáció kialakulásának egyik legjelentősebb alakja.
